Está considerada una de las obras más hermosas de la arquitectura colonial en Buenos Aires. Es el segundo templo más antigüo de la ciudad y uno de los pocos que conservan todos sus retablos, imaginería y ornamentos. Debe su nombre a la patrona de la ciudad de Zaragoza. Allí nació Juan de Narbona, un comerciante muy rico que en 1716 fue autorizado por una Real Cédula a construir un templo en este lugar. La primera capilla fue inaugurada en 1732, la empezó a construir el arquitecto jesuita italiano Andrés Bianchi y la terminó Juan Bautista Prémoli. En 1821 el Gobernador Martín Rodríguez y su Ministro de Gobierno Bernardino Rivadavia, expulsaron a los frailes de la Recolección expropiando todos sus bienes, quedando cerrada la iglesia por varios años y en la antigua huerta se creó el Cementerio de la Recoleta.
En 1834 se destinó el Convento a asilo de mendigos y luego de ancianos.
En 1881 el arquitecto Buschiazzo construye la fachada del cementerio. Luego, en 1930 el arquitecto André Millé le devolvió su aspecto original.
El Papa Pio XI la eleva a Basílica en 1936. El 21 de mayo de 1942 se la declaró Monumento Histórico Nacional.